Хөдөө аж ахуйн шинжлэх ухааны зөвлөлийн үйл ажиллагааны нэгэн чухал үүрэгт ажил бол салбарын тэргүүлэх эрдэмтдийг эгнээндээ багтаасан их сругуулийг мэргэжлийн удирдлагаар хангах хамтын удирдлагын эрдмийн дээд байгууллага болох ХААИС-ийн Эрдмийн зөвлөлийн хуралдааныг зохион байгуулах ажил юм. Эрдмийн зөвлөлөийн хуралдаанаар салбарын шинжлэх ухаан, боловсролын бодлого боловсруулах, баталгаажуулах, хөгжлийн хөтөлбөр, дүрэм журам зэргийг хэлэлцэж батлуулах, багш судлаачдад эрдмийн цол олгох, салбарын хэмжээнд хэрэгжүүлэх дотоод, гадаадын байгууллагуудтай хамтран хэрэгжүүлэх судалгааны төслийн санал, тэдгээрийн хэрэгжилт, шинжлэх ухааны үр дүнг хэлэлцүүлж, холбогдох шийдвэрүүдийг тухай бүр гаргуулж ажилладаг. Монгол Улсын дээд боловсрол, шинжлэх ухаан, технологийн салбарт болон ХААИС-ийн хөгжилд үнэтэй хувь нэмэр оруулсан дотоод гадаадын эрдэмтэн судлаач, багш, иргэдэд 1994 оноос эхлэн ХААИС-ийн хүндэт доктор, хүндэт профессор цолыг тус тус олгож эхэлсэн бөгөөд одоогоор ХААИС-ийн хүндэт доктор цолыг 40, хүндэт профессор цолыг 27 гадаадын 16 орны нийт 67 эрдэмтэд болон дотоодын 24 судлаачдад хүндэт доктор, 28 эрдэмтдэд хүндэт профессор цолыг тус тус олгосон байна.
Тус Зөвлөлийн үйл ажиллагааны бас нэгэн томоохон чиглэл бол гадаадын түнш их, дээд сургууль, олон улсын байгууллагуудтай хамтран судалгааны төсөл, хөтөлбөр хэрэгжүүлэх ажлыг эрчимжүүлэх, бүс нутгийн тулгамдсан асуудлаар олон улсын эрдэм шинжилгээний бага хурал, семинар, чуулга уулзалт зохион байгуулах, тэдгээрт багш эрдэмтэн судлаачдыг өргөнөөр оролцуулах замаар тэдний судалгааны ажлыг дээшлүүлэх, хамтын ажиллагааг өргөжүүлэх, шинжлэх ухааны үр нөлөөг дээшлүүлэх явдал юм. Зөвлөлөөс жил бүр 4-5 олон улсын эрдэм шинжилгээний бага хурлыг дотоод, гадаадын байгууллагуудтай хамтран тогтмол зохион байгуулахын зэрэгцээ дотоодын болон олон улс, бүс нутгийн хэмжээний эрдмийн байгууллага, төвтэй хамтын ажиллагаа идэвхижүүлж ирлээ. Мөн салбарын багш суралцагчдын туршилт, судалгааны ажлын төвшинг дээшлүүлэх, судалгааны ажлын үр өгөөж, үр нөлөөг нэмэгдүүлэх, судлаачдын бүтээлийг нийтийн хүртээл болгох, зах зээлийн эргэлтэнд оруулах ажлыг эрчимжүүлэх, инновацийг хөгжүүлэх зорилгоор дараах арга хэмжээг тогтмол зохион байгуулж хэвшээд байна. 
Үүнд:

• Бакалавр, магистр, докторын шилдэг эрдэм шинжилгээний бүтээл, илтгэл шалгаруулах эрдэм шинжилгээний бага хурал;
• “Шинэ үе-хөдөө аж ахуйн тогтвортой хөгжилд” англи хэл дээр зохион байгуулагддаг залуу багш, судлаачдын эрдэм шинжилгээний бага хурал;
• “Шинэ үе-хөдөө аж ахуйн тогтвортой хөгжилд” залуу судлаач, ахисан төвшний оюутнуудад зориулсан лекц, семинар;
• “Мэдлэгээ хуваалцья” сэдэвт залуу судлаачдын судалгааны ажлын онол, арга зүйн семинар;
• Салбарын шилдэг технологийн шалгаруулалт;
• Салбарын шилдэг инновацийн бүтээлийн шалгаруулалт;
• Шилдэг инновацийн шийдэл бүхий төгсөлтийн ажлын шалгаруулалт;
• Докторын дараах судалгааны ажлын тэтгэлэг олгох шалгаруулалт;
• “Агробиобизнес”, “Хөдөө аж ахуйн технологи, инноваци” шинжлэх ухаан, технологийн бүтээлийн үзэсгэлэн;
• “Хөдөө аж ахуйн шинжлэх ухаан-ЕвроАзийн орнуудын агро-үйлдвэрлэлийн хөгжилд” олон улсын эрдэм шинжилгээний бага хурал;
• Их сургуулийн санхүүжилттэй судалгаа-инновацийн төслийн шалгаруулалт зэрэг болно.