Хөдөө аж ахуйн эдийн засаг, инновацын хөгжлийн төв нь хөдөө аж ахуйн эдийн засгийн судалгаа, шинжилгээний ажил эрхлэх, салбарын судалгаа хөгжүүлэлтийн ажлын үр дүнд бий болсон оюуны бүтээл, шинэ бүтээгдэхүүн, дэвшилтэт технологийг үйлдвэрлэлд нэвтрүүлэх, нутагшуулах, зуучлах замаар мэдлэгийг үйлдвэрлэл, бизнесийн эргэлтэд оруулах, гарааны компаниудын үйл ажиллагаанд арга зүйн дэмжлэг үзүүлэх, судалгааны төсөл, хөтөлбөр хэрэгжүүлэхэд багш, судлаачдын оролцоог хангаж зохион байгуулах чиг үүрэг бүхий ХААИС-ийн бүтцийн нэгж юм.
ХААИС-ийн оюуны өмч, технологи дамжуулах нэгж нь анх ХААИС, Канадын Саскачеваны их сургуулийн хамтарсан “Хөдөөг хөгжүүлэх сургалт” төслийн хүрээнд 2006 онд ХААИС-ийн ШУЗ-ийн харьяанд “Экстейншиний сургалтын төв” нэртэй анх байгуулагдсан бөгөөд 2010 оноос “Инновац, технологи дамжуулах төв”, “Экстейншин, инновацын төв”, 2014 оноос “Инновац, бизнес хөгжлийн төв”, 2018 оноос “Хөдөө аж ахуйн эдийн засаг, инновацын хөгжлийн төв” болж үйл ажиллагаагаа явуулж байна. 
Хөдөө аж ахуйн эдийн засгийн судалгааг шинэ шатанд гаргаж, салбарын эрдэмтэн судлаачдын оюуны өмчийг эдийн засгийн эргэлтэд оруулахад судлаачдын нөөц боломжийг төвлөрүүлж, ХААИС-ийн сургалт, судалгаа, инновацын үр нөлөөг дээшлүүлэх нь Хөдөө аж ахуйн эдийн засаг, инновацын хөгжлийн төвийн эрхэм зорилго юм. 
Хөдөө аж ахуйн эдийн засаг, инновацын хөгжлийн төв дараах  чиглэлээр үйл ажиллагаа явуулдаг: 

• Хөдөө аж ахуйн эдийн засаг, инновацын чиглэлээр судалгаа, шинжилгээний ажил эрхлэх, Хөдөө аж ахуйн эдийн засгийн судалгаа шинжилгээний ажлын дунд хугацааны хөтөлбөрийг хэрэгжүүлэх;
• ХААИС-ийн оюуны өмч, инновацын бүтээгдэхүүнийг эдийн засгийн эргэлтэд оруулах үйл ажиллагааг арга зүйн удирдлагаар хангах;
• ХААИС-ийн эрдэмтэн судлаачдын оюуны өмчийн бүртгэл хөтөлж, үнэлгээ хийх;
• Гарааны компани, инновацын бүтээгдэхүүний мэдээллийн сан байгуулах, ХААИС-ийн гарааны компаниудад арга зүйн болон зохион байгуулалтын дэмжлэг үзүүлэх;
• ХАА-н салбарын мэргэжилтнүүдэд мэргэжил дээшлүүлэх, мэргэшлийн зэрэг олгох болон  мэргэшүүлэх сургалт зохион байгуулах;
• ХАА-н үйлдвэрлэл эрхлэгчдэд зориулсан зөвлөх, нэвтрүүлэх  үйлчилгээ явуулах
• Гарааны бизнесийн бизнес төлөвлөгөө, төсөл, техник-эдийн засгийн үндэслэл боловсруулах, зөвлөх үйлчилгээ үзүүлэх;
• “Монголын хөдөө” сонин болон хэвлэл, мэдээллийн бусад хэрэгслээр хөдөө аж ахуйн шинжлэх ухаан, технологи, инновацын үйл ажиллагааны үр дүнг түгээн дэлгэрүүлэх.